Dokumen mutu memuat instrumen-instrumen yang harus dilaksanakan oleh semua sivitas akademika FTUI dan didokumentasikan dengan baik. Dengan adanya dokumen mutu ini diharapkan sivitas akademika FTUI, terutama pihak manajemen dapat menyusun langkah-langkah strategis agar mutu akademik di lingkungan FTUI selalu terjamin.
Adapun komponen mutu di tingkat Universitas dan atau Fakultas, yaitu:
sedangkan komponen mutu di tingkat Departemen / Program Studi merujuk pada komponen mutu fakultas dan universitas ditambah dengan Laporan tahunan Departemen yang mencakup kegiatan tri dharma perguruan tinggi.
Sebagai pelaksana audit akademik di tingkat Fakultas dan Departemen adalah tiga orang Auditor Akademik di Universitas Indonesia yang sudah tersertifikasi.